立功章第一
天尊曰：凡欲修道，建功為先。是以諸天上帝、諸天高尊、諸天真人、諸天神仙，咸以功勤超聖真位，諸天記功而為品格。積功滿千，形神俱仙；功不及千，形滅神仙；功及兆民，玉清之賓。凡蛻為仙，仙化為真，真人無礙，洞合自然。消則為炁，息則為人，神通自在，變化無形，飛行三界，出幽入明。吾昔在世，立世之功；吾遊天中，諸天奏功。一切眾生，咸願濟拔，心不退轉，自得真道。
齋戒章第二
天尊曰：齋戒者，道之根本，法之津梁。子欲學道，清齋奉戒，念念正真，邪妄自泯。一切眾生，捨清浄域，耽嗜葷羶而以觸法。譬如餓鬼，啗食死屍，火燒飢腸，無有飽滿。又如蠅蟲，爭奪臭腐，妄為羶香而以觸法。三宮溷濁，六腑不淨，屍魄欣昌，樂於死地。子當割嗜慾根，入清靜境，無作諸苦，無造諸惡，無生諸見，無起諸邪。子觀戒文如世法律，欲有所犯，懼金木刑。子於戒文，精意奉持，凛然在前，如對所畏。秉心正嚴，滅一切想，諦聽不二，可會正真，是吾弟子。
識本來章第三
天尊曰：虛無自然，道所從出，真一不二，體性湛然，圓明自足，不墮諸見。遠離塵垢，學無所學，修無所修，於中了然。不去不住，不取不捨，無樂無惱，無死無生，無古無今，是真解悟。觀諸形相，等皆虛空，滅除世幻，體合自然。
善應章第四
天尊曰：人有一善，百神俱泰。人有十善，司命儲筭。人有百善，東華注名。人有千善，福及七祖，死魂為仙，萬善既備，玉符下迎，千神來朝，白日登宸。
法力能捍章第五
天尊曰：子知悲人，不能悲身。地水火風，假合四大，埏土為器，託炬火中而得堅固。子身猶器，法猶炬火，能捍子身，成不壞質。
積善為寶章第六
天尊謂妙行真人曰：子登寶山，周行左右，萬寶縱橫，無不可愛。當下山際，能勿持乎？妙行真人曰：不持以歸，是謂自棄。天尊曰：善哉。人生於世，如在寶山，種種善緣，皆為寶也。子不造善，當來離世，是猶登彼寶山空手而歸，不持一物，後無悔乎？
除垢章第七
天尊曰：子形不淨，受諸染著，積垢於身，必思澡漸。心垢不淨，六根所染，弗思其澣，玆為迷惑。是故身垢不淨，以世水洗之；心垢不淨，以法語洗之。六根清淨，表裹洞明，無毫髮染，方造無為。
味道章第八
天尊曰：子之食蜜，徧口皆甜，舌有餘味。味吾之言，有甚於是。
斷因緣章第九
天尊曰：一切眾生，從因生因，從緣生緣。以因緣故，結諸煩惱，成無量業，墮於生滅，輪轉不窮。如浪中漚，幾成幾壞。爾須了悟，本來皆空，自生諸見，自著一切，種種眷屬，是煩惱根，與牢獄等。此心不悟，如大罪人，無始以來，身被摯縛，無有解脫。吾今為汝滅前後因，斷一切緣，識因非因，識緣非緣，不因不緣，湛然常定，無去無來，無離無著，一切解脫，超出三界。
自新章第十
天尊曰：一切男女，於三寶前稽首歸命，洗滌垢穢，令心地淨，悔過自新，誓勿復造，可以為吾弟子。其有男女，處世以來，於三寶前內省於中，無可懺悔，是吾真弟子。
布施章第十一
天尊曰：有餘而施，非難不足，施之為難；施所不欲，非難施所，甚愛為難。一切諸福，皆自歡喜中來；一切布施，生歡喜心；一切財寶，眾生性命。或施以物，歸獻三寶；或施以法，覺悟一切。種種善果，福報無邊。
勤行章第十二
天尊曰：知吾道者，復不能行；行吾道者，復不能久。難至於道，知而能勤，久而不怠。如渡滄海，日求著岸；終始若一，道為子得。
鍊穢成真章第十三
天尊語妙行真人曰：子未生時，混混沌沌，本無一物，視聽不得，與真常會，無有名相，孰為妙行？吾今為汝，究未生理。種種形相，俱為幻假，眷此幻身，與我為累。譬如鑄劍，煅鍊滓穢，始見精鋼；勇烈無滯，當成妙器。
演化章第十四
天尊謂妙行真人曰：從吾道者，是名善業；離吾道者，是名惡業。太上立德，其次立功，其次立言。成有等差，同歸于道。一切眾生，顛倒妄想，造地獄行，不自覺知，踊躍相進，投於愛河。汝為眾生敷演教法，啟方便說而為接引，當得福報，同證無為。
真成章第十五
妙行真人問天尊曰：何者名為真人？復修何道，獲證此果？天尊曰：精心苦行，絕世所欲，不興妄想，無有染著，鍊形化炁，鍊炁化神，鍊神合道，體入自然。斂萬法歸於一身，以一身而化萬境。不滯有無，永絕生滅，是名真人。
三乘等差章第十六
天尊曰：末學之士，目不妄視，耳不妄聽，心不妄知，禁約一切，泯絕萬態以致於道。至學之士，視無所見，聽無所聞，心無所知，動無所逐，以觀眾妙。大乘之士，無見而無不見，無聞而無不聞，無知而無不知，內外洞然，達彼無間，故能參宇宙而遊無盡之域。
以言勸善章第十七
天尊曰：贈人以財，不若贈人善言。黃金雖貴，用之則窮；善言於心，終身為寶。一切神仙真人，皆以無上要言得成道果。子能持是說，普告眾生，令得奉行，獲福無量。
苦樂先後章第十八
天尊曰：學道之士，斷諸愛慾，卻絕肥鮮，長齋清思，研味至道，是為苦中求樂，能知其樂，不見其苦。一切眾生，貪戀榮華，迷惑聲色，肆情縱慾，造諸快樂者，是造諸苦。吾道苦而後樂，眾生樂而後苦。吾今告子，當明慎之。
不二門章第十九
天尊曰：吾道無親疏，吾眼無貴賤，一切眾生，皆以等觀。有善性者，與成其善；有道性者，與證其道。若有所擇，是有二門。
不殺章第二十
天尊曰：子欲學吾道，慎勿懷殺想。一切諸眾生，貪生悉懼死。我命即他命，慎勿輕於彼，口腹樂甘肥，殺戮充啖食。能懷側隱心，想念彼驚怖，故當不忍啖，以證慈悲行。
清淨章第二十一
天尊曰：學道之士，以清淨為本，長齋眇思，嘯詠太無，觀諸邪道，如覩仇讎；遠諸愛欲，如避臭穢。除苦惱根，斷親愛緣，冥冥濁海，自得淨界。如白蓮花，生淤泥中，亭亭出水，不受污染。五臟清夷，三田華素，太玄真人，自與子鄰。
不妄章第二十二
天尊告妙行真人曰：大乘法可出三界。如不行吾道，即是以我為妄。吾以不妄，故得證此。故信者心之寶，一切真人，皆以信心得成道果。
慈悲章第二十三
天尊曰：汝等眾生，以慈悲為本，覩一切物，常行不忍。世人痛苦，如在我身，當願救護，普令安樂。一切眾生，以愚癡故，陷諸罪苦。爾不救拔，等是愚癡。常行大悲心，自成無上道。
萬法歸一章第二十四
天尊曰：萬派枝流，同歸于海；萬法紛紜，同歸于道。眾生執著，自生分別。當有圓通無閡，一貫諸義。
斷穢濁章第二十五
天尊曰：一切眾生，皆自穢濁中來，復以穢濁而往。有能清淨信吾戒言，不受染著，斷除雜想，即得出離濁浪，入我法門，無去無來，永超塵劫。
洗心章第二十六
天尊曰：六根不淨，當洗其心，心不受垢，自無諸穢。故心為宰官，統御一切，降伏其心，猶馭猛虎，如有縱怠，反傷汝身。
證真章第二十七
天尊曰：學道之士，清虛而容，非拯危而濟難，慈向萬物，滅毒惡想。觀一切眾生，如我眷屬，有飢寒者，念與衣食；有疾病者，念與醫藥；有冤讎者，念與解釋。如是慈悲心，種種不可量，當來及後世，證彼真人行。
財為患本章第二十八
天尊曰：財為患之本，聚財為聚業；財為愛慾根，能起一切罪。若以財非財，始可入道境。
至言普潤章第二十九
天尊曰：一切眾生，牽於情愛，如蹈猛火，靡得休息，從少至老，不自知覺。吾言如甘露，能灑一切，使其心地，自得清凉。
忍辱章第三十
天尊曰：忍者身之寶，慎勿與人爭。一切諸魔來，吾以忍坐勝，不與羣魔競；來者自反戈，損人還自損，我實得安靖。一切諸真人，皆以忍辱故。
造福田章第三十一
天尊曰：人生一世間，譬如電光速，嬰兒化老耄，倏忽春夢中。勇猛進於善，自己悲不及，處世無福田，瞑目何所恃。
正念章第三十二
天尊曰：子心無邪念，一念徹虛空，一切虛空中，皆有聖與賢。常作平等觀，勤修無上行，自見虛無老，久久入大乘。
出有無章第三十三
天尊曰：眾生迷惑，妄見諸有。吾道本無，有諸眾生顛倒，妄見諸無。吾道亦無，非有非無，即有即無。作是解者，能超一切。
施言無罪章第三十四
妙行真人問天尊曰：何者布施功德最重？天尊曰：以吾言施人，功德最重。妙行真人曰．；處世何物為寶？天尊曰：無罪於身，是為至寶。
隨緣受報章第三十五
妙行真人問天尊曰：宿命因緣，可以知否？天尊曰：汝思見世因緣，則知宿命因緣。汝修見世因緣，則知來世因緣。一炁無偏阿，所種還自生；植此荊棘根，何由望騫林？
大力章第三十六
妙行真人問天尊曰：世間何力為大？天尊曰：慈悲之力，最為廣大。慈悲之心，能化一切；慈悲之行，能伏一切。惡者無與爭，暴者無與抗，所向無敵，是為其力廣大無邊。
契道章第三十七
天尊謂妙行真人曰：子欲學吾道，口無是非言，心無人我相，身不受染著，方契無為道。眾生俱幻化，墮彼色相因，雖知樂是苦，一念了無為。
心起憂樂章第三十八
天尊曰：子勿包禍心，損害於一切。眾生初未覺，神明悉已知。危人還自危，枉彼還自枉。天堂及地獄，一切由心造。
道法章第三十九
天尊曰；吾道猶炬火，取之無窮，隨其所與，能飪熟一切。吾法等泉源，能灌溉枯槁，潤澤一切。子身障惱，自與道違。
入妙章第四十
天尊曰：入我法門者，學至於無所學，行至於無所行，了至於無所了，是謂入眾妙門，洞觀無礙。眾生執著，妄究終始，自謂造於最勝，是猶妄見諸色。
去華章第四十一
天尊曰：清淨者，道之本；榮華者，道之殃。子勿憎淡泊，是中有至味。愚癡戀世欲，類蛾投火光，不知其為害，以至於滅亡。
同好惡章第四十二
天尊曰：子慎無錡妄，誑惑諸眾生，勿懷毒惡心，陰謀諸一切。以身譬他人，好惡元無異，能作是念者，可證無上道。
先實後施章第四十三
妙行真人問天尊曰：頗謂聖王，以能利益一切，救拔眾生，無有厭倦，念念相因，故能成真。若復有人，能作是念，當知果報無差？天尊曰：汝勿輕用，勤修其行，使中實有見道之源，自然流施無盡。
超色相章第四十四
妙行真人曰：聖王妙相七十二項，負九色光。諸天仙人以是覩天尊也，靡不讚善，恭敬禮拜，無上希有。天尊曰：我以非色，汝妄為色；我以非相，汝妄為相。一切初地，以肉眼故，不能洞觀。若以九色七十二相觀我，即是離無著有，不可與聞無上之義。
一切恃道章第四十五
妙行真人問曰：一切有目，可見諸色；至於微妙之法，不可得見。天尊曰：吾道猶日，光明普照，種種色相，人始能別。廢日之光，有目絕視。子慎為道，無復中輟。
勇决學道章第四十六
天尊曰：學道之士，慎無二心，斷絕塵染，割棄愛緣，心如寒灰，滅除猛燄，苦身勵行，禍難不顧。如矢一發，往而不回，吾保子身，必得道真。
魔誡章第四十七
天尊曰：學道甚難。鬼神魔王，敗人成功，但欲其死，不喜仙道。子將道成，復有諸天仙人來試爾身。仙人之來試也，或試以所欲，或試以所不欲；或試以所難，或試以所畏，皆於心之所不悟、意之所不造也試之。過者諸天保舉，魔王奉迎，是謂得道。
易心向道章第四十八
天尊曰：上士貪善，下士貪財；一切眾生，晝不能息，夜不能寐，唯慮貨財不足於身。子易其心而學道，安有不得矣。
勉行章第四十九
妙行真人問曰：學道甚苦，如負重登山，可厭而止？天尊曰：子勉於前，既登絕頂，其苦亦息，俯視一切，皆微眇也。
第一至第六章先把修道的入口放在「功」與「戒」上。虛皇天尊說，凡想修道，先要建立功行；諸天上帝、高尊、真人、神仙，都是憑功勤超升聖真之位，諸天也按功記品格。積功滿千，可以形神俱仙；功不及千，身形雖滅，神仍可仙；功及兆民，則成玉清之賓。第二章說齋戒是道的根本、法的橋梁，學道者要清齋奉戒，念念正真，使邪妄自滅；若貪葷腥嗜欲，就像餓鬼吃死屍、蠅蟲爭臭腐，使三宮六腑混濁，屍魄反而昌盛。
第三章轉入本體，說虛無自然是道所從出，真一不二，體性湛然，學到極處是學無所學、修無所修，不取不捨、無死無生，見一切形相皆如虛空。第四至第六章則說，一善、十善、百善、千善各有神明記錄與福報；人生在世就像登寶山，善緣都是寶物，若不造善而空手離世，日後必會後悔。
第七至第十三章主要講洗心與勤行。身體有垢會想到沐浴，心被六根污染卻不知洗滌，就是迷惑；身垢用水洗，心垢要用法語洗，六根清淨後才能入無為。天尊又說，嘗蜜滿口皆甜，而品味他的言語更勝於蜜。眾生因因緣結煩惱、造業、輪轉生滅，如浪中水泡忽成忽壞；若能知道本來皆空，認清因非因、緣非緣，便可斷前後因緣，湛然常定。懺悔自新是在三寶前洗滌心地，誓不再造惡；布施不只是有餘才施，更難的是在不足時仍能施、把自己所愛施出，或施財物歸三寶，或施法語覺悟眾生。
勤行章說，知道道理卻不行、行了卻不能久，都難到道；要像渡海求岸，終始如一。鍊穢成真章把幻身比作含滓之金屬，必須煅鍊污穢，才見精鋼、成妙器。
第十四至第十九章把修行從個人轉向教化。從道而行是善業，離道而行是惡業；太上立德，其次立功，其次立言，雖有等差，最後同歸於道。眾生顛倒妄想、投於愛河而不自知，因此修道人要為眾生敷演教法，開方便門接引。十五章答「真人」之義：真人是精心苦行、斷絕世欲、不起妄想、不受染著，鍊形化炁、鍊炁化神、鍊神合道，體入自然；能把萬法收歸一身，又以一身化萬境，不滯有無、永離生滅。
十六章分末學、至學、大乘三層：末學要約束眼耳心，至學視聽知都不逐物，大乘則無見而無不見、無聞而無不聞，內外洞然。十七章說善言勝於財物，黃金用盡就窮，善言入心可終身為寶。十八章說學道先苦後樂，世俗縱欲則先樂後苦；十九章說道無親疏、眼無貴賤，對眾生平等觀照，若有所揀擇，就是落入二門。
第二十至第二十七章集中於不殺、清淨、信心與慈悲。不殺章說，一切眾生都貪生怕死，我的命就是他的命，不可為口腹甘美而殺戮；若能想見牠們受驚恐懼，就不忍吞食，以此證慈悲行。清淨章把修道人比作白蓮生淤泥而不染，須遠愛欲如避臭穢，除苦惱根、斷親愛緣，五臟清夷、三田華素，太玄真人自會相近。不妄章說，信是心中之寶，一切真人都以信心得道。慈悲章說，看見一切物常生不忍，世人痛苦如在我身，應願救護，使其安樂；若不救拔愚癡眾生，自己也等同愚癡。
萬法歸一章用萬流歸海比萬法歸道，勸人不要自生分別。洗心章則提醒，心是統御一切的宰官，降伏其心如馭猛虎，稍有放縱，反傷自身。證真章把慈悲落到日用：有飢寒者念給衣食，有疾病者念給醫藥，有冤仇者念為解釋，這才是真人行。
第二十八至第三十六章說財、情、忍與因果。財是患本、業根與愛欲根，若能把財看作非財，才可入道境。眾生被情愛牽引，如踩在猛火上不知休息，天尊之言如甘露，使心地清涼。忍辱章說忍是身寶，不要與人爭；魔來時以忍坐勝，不與群魔競，損人者終自損，自己反得安寧。人生如電光、如春夢，應勇猛進善；正念章說心無邪念，一念徹虛空，常作平等觀，久而入大乘。出有無章最接近道教義理：眾生妄見諸有，道本不落有；眾生又妄見諸無，道也不是單純的無。
非有非無，即有即無，能這樣理解，才超出一切。施言無罪章說，以天尊之言施人功德最重，而處世至寶是身無罪過。隨緣受報章說，看今世因緣可知宿命，修今世因緣可知來世；一炁無偏私，種什麼還生什麼，種下荊棘根，不能盼望長出美林。大力章則明言，世間最大力量是慈悲，慈悲心能化一切，慈悲行能伏一切，不與惡暴相爭，所向反而無敵。
第三十七至第四十四章把契道條件說得更細。想學道，口無是非言，心無人我相，身不受染著，才契無為；眾生皆是幻化，若一念了無為，就不再被色相牽纏。天堂與地獄都由心造，害人終會害己，枉人終會枉己。道像炬火，取之無窮，能熟成一切；法像泉源，能灌溉枯槁，潤澤一切。入妙章說，學到無所學、行到無所行、了到無所了，才入眾妙門；去華章說清淨是道本，榮華是道殃，淡泊之中有至味，貪世欲像飛蛾投火。四十二章勸人以己身比他人，好惡本無差別。
四十三章答聖王利益眾生之問，說不可輕易空談，須先勤修其行，內中實有見道之源，才會自然流施無盡。四十四章破相最直接：妙行真人說天尊有七十二妙相、九色光，天尊卻說「我以非色，汝妄為色；我以非相，汝妄為相」，若用相好光明看天尊，就是離無而著有，不能聞無上義。
第四十五至四十九章收束在恃道、勇決、魔試、易心與勉行。道如日光，因日光普照，人才能分辨種種色相；廢日光，有眼也不能見，所以修道不可中斷。學道要無二心，斷塵染、割愛緣，心如寒灰，滅猛燄，苦身勵行，如箭一發不回。四十七章特別說，學道甚難，鬼神魔王會敗壞人的成功；將成道時，還會有諸天仙人來試，或以所欲、所不欲、所難、所畏試探，專在心意未悟處下手。能通過者，諸天保舉，魔王奉迎，才稱得道。四十八章說，上士貪善，下士貪財；
眾生晝夜憂財不足，若把這顆貪財的心轉為向道，便沒有不得道的道理。最後妙行真人問，學道像負重登山，苦得可厭，能否停止；天尊回答，只要勉力向前，登到絕頂，苦自然止息，俯視一切都變得微小。
全篇白話可抓住兩個層次。外層是功過勸善：立功、齋戒、布施、不殺、忍辱、慈悲、救飢寒疾病、遠財欲愛染，都被說成可累積福報、超出業苦的行為。內層是心性與重玄式破執：虛無自然、真一不二、非有非無、非色非相、無所學無所行，說明成真不是只靠外在功德，還要破除有無、生死、人我、色相的執著。因此這部四十九章經不是單純善書，也不是純玄學短論，而是把道教戒行、功德倫理、身心修煉與本體悟解編成可背誦、可日用自警的入道手冊。