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瘟司科是道教中专门负责瘟疫事务的职能部门，古称「瘟司」，又作「痢司」等。其核心职责包括驱瘟、禳疫、设坛行醮，以及在疫情流行时期组织信徒进行防护祭祀。

「科」在道教原指科仪条文或法事程序，瘟司科即是以防疫仪式为中心的专科体系。自汉代起，随着疫情记载的增多，道教逐渐形成系统化的防疫科仪，《道藏》中的《辟瘟经》便记载了具体的符箓与法阵。历代天师道掌门皆设有专门的斋醮官，负责将防疫仪式纳入道观日常例行活动。

近代以来，瘟司科的职能与中医药及公共卫生观念相融合，许多道观在春季开展「祈福除疫」法会，邀请信众佩戴符咒，并配合使用中医药进行预防。这一传统显示了道教在应对大规模传染病时的组织能力，也体现了古代医学与宗教仪式的互鉴。

因缺乏系统的史料编纂，現存关于瘟司科的记载多散见于《道教》经典的注疏与现代道观的口述传统。学者建议加强田野调查，结合民间信仰与古代医学文献，恢复完整的防疫科仪体系，以便更好地理解历史上道教对公共健康的贡献。