分子系統發育分析

分子系統發育分析

分子系統發育分析（Molecular phylogenetic analysis）是利用DNA、RNA或蛋白質序列資料，透過比對序列相似性、建立系統發育樹，推斷生物間演化關係的計算方法。其核心步驟包括序列取得、序列對齊、分歧時間估算與樹形模型選擇。常用的分析方法有Maximum Likelihood、Bayesian Inference、鄰接法（Neighbor‑Joining）等。這些方法可揭示物種起源、族群分化及分子演化趨勢，並幫助解決分類爭議、追蹤病原體傳播路徑以及推測古代生物的適應性變異近年來，隨著高通量定序技術的普及，大量基因組數據被整合進系統發育框架，使演化樹的解析度大幅提升。